Hiện chưa rõ động cơ Lê Danh Phong ra hàng chúa Nguyễn là do ông thấy quân thế Tây Sơn hết hy vọng nên chịu hàng hay đó là kế trá hàng của ông để mong phá quân Nam triều. Có thể là trá hàng nhưng chưa kịp thực hiện thì bị giết khiến lòng trung của ông bị hàm oan. Tuy nhiên so với các tướng lĩnh trung thành khác của Tây Sơn như Đại Đô đốc Đào Công Giản, Nguyễn Văn Điểm, Từ Văn Chiêu, Tham đốcPhạm Văn Điềm thì ông không bằng được.